В соответствии с нормами НК РФ, действовавшими до 1 января 2006 г., если стоимость неотделимых улучшений не компенсировалась арендатору, арендатор был вправе признать эти расходы при расчете налога на прибыль, а арендодатель должен был учесть стоимость улучшений в качестве своего дохода. По окончании работ арендодатель становился собственником улучшенного имущества и должен был признать в качестве дохода стоимость внесенных улучшений. Эта операция проводилась на основании полученных от арендатора документов о стоимости и объемах выполненных работ.

В действовавшей до конца 2005 г. редакции гл. 25 НК РФ отсутствовало указание на особый порядок амортизации неотделимых улучшений в налоговом учете арендатора. Исходя из требований ст. 256 НК РФ, амортизируемым могло признаваться только имущество, находившееся у организации на праве собственности. Соответственно, арендаторы не имели возможности списывать стоимость неотделимых улучшений через амортизационные начисления на расходы, учитывавшиеся для целей налогообложения (см., например, Письмо Минфина России от 04.05.2005 N 03-03-01-04/2/74).

С 1 января 2006 г. капитальные вложения в предоставленные в аренду объекты основных средств в форме неотделимых улучшений, произведенных арендатором с согласия арендодателя, признаются амортизируемым имуществом (п. 1 ст. 256 НК РФ).

Поскольку стоимость капитальных вложений в модернизацию оборудования возмещается арендатору, данные капитальные вложения амортизируются арендодателем в порядке, установленном гл. 25 НК РФ (п. 1 ст. 258 НК РФ).

Начисление амортизации по амортизируемому имуществу в виде капитальных вложений в объекты арендованных основных средств, которое в соответствии с гл. 25 НК РФ подлежит амортизации, начинается у арендодателя с 1-го числа месяца, следующего за месяцем, в котором это имущество было введено в эксплуатацию, но не ранее месяца, в котором арендодатель произвел возмещение арендатору стоимости указанных капитальных вложений (п. 2 ст. 259 НК РФ).

Согласно п. 1 ст. 258 НК РФ, если в результате реконструкции, модернизации или технического перевооружения объекта основных средств не произошло увеличение срока его полезного использования, организация при дальнейшем исчислении амортизации учитывает оставшийся срок полезного использования этого объекта.